1598年5月、フェリペ2世は低地地方を娘イサベルに譲った。北部は事実上独立していたが、スペインは公式には認めていなかった。いとこの大公アルベルトと結婚したイサベルは北部諸州の再征服を試みたが、オステンドを取り戻しただけだった。1609年4月、北部諸州と12年休戦条約（1609〜21年）を結んだことで一応決着がついた。
イサベルとアルベルトの統治下（1598〜1621年）の南部諸州の勢力は弱まっていた。国務院など伝統的な組織は維持されていたが、貴族たちは政治から遠ざけられていた｡「スペイン人の評議会」が国務の主要事項を司り、アルベルトもマドリッドの指令に従うしかなかった。二人は南部諸州では好意的に迎えられていた。各州の州議会は地域的利害についての権限を維持していた。1611年に公布された「永続令」は南部諸地方の多様な慣習法を統一しようとする試みだった。
1590年代
世界各国史14　スイス･ベネルクス史

1545年のトリエント公会議の影響を受けて、低地地方南部ではカトリックが再強化されていた。異端は法によって禁じられ、司教は定期的に地方の教会の状況を教皇に報告することが定められていた。すべての司教区に聖職者養成の神学校が設立され、1609年に編集された公教要理問答集はこの地方固有の宗教教育の基礎になった。宗教教育は迷信の追放にもなり、信仰に対するモラルは強化された。劇場は検閲を受け、民衆の祭りは規制されるようになった。
対抗宗教改革でカプチン会、イエズス会は重要な役割を果たした。1542年に低地地方南部で設立されたイエズス会は、多くの中等教育機関を開設した。カトリックの改革は芸術や文学にも影響を及ぼした。多くの教会が修復されたり、ゴシックやイエズス会によって伝えられたバロック様式で建設された。
1640年代には、聖アウグスティヌスの教義の厳密な解釈に基づくヤンセニズムがイエズス会の攻撃を受けながら、一部の司教やレウヴェン（ルーヴァン）大学の神学者たちに信奉された。