4ヶ月後トリニダー号はエスピノザを船長として、パナマを目指して出港した。しかし逆風と食糧不足に苦しみ、結局モルッカ諸島に戻った。その間にポルドル人の増援部隊が着いていて、スペイン人は全員捕虜となった。トリニダー号に乗っていてスペインに戻れたのは4人だけだった。ロローザは裏切り者として処刑された。
ヴィクトリア号はブル島、ティモール島に寄った後、喜望峰を廻って帰国を目指した。5月6日に喜望峰を廻り、7月9日ポルトガル領ヴェルデ岬諸島のサンティアゴ島に着いた。144日にわたる無寄港航海のため壊血病患者が続出し47人の乗組員は35人に減っていた。船長エルカーノは嘘を言って食糧を分けてもらった。しかし3度目に引き取りに行ったときに嘘が発覚しボートの13人が捕われてしまった。このときに日付が1日ずれていることにピガフェッタとアルボは気付いている。
22人となったヴィクトリア号は、なぜかスペイン領カナリア諸島には寄らずポルトガル領アゾーレス諸島を目指している。やや遠回りをしてスペインに戻ったときには18人になっていた。
モルッカ諸島・フィリピンからアメリカ大陸へ向かう航海は、貿易風が逆風となるため困難だった。1565年ウルダネータはフィリピンからいったん北緯42°（北海道南端あたり）まで北上、その後東へ向かいアカプルコに到着した。これで太平洋を東に向かう大圏航路が確立された。

1522年9月6日、ヴィクトリア号はサンルーカル・デ・バラメイダ港に帰って来た。 生き残った18人のうち12人がスペイン人、3人がイタリア人、ポルトガル人とドイツ人が１人ずつ、他に3人のインディオがいた。
エルカーノは年金500ドゥカートを下付され、地球儀が描かれた紋章が許された。航海長アルボは5万マラベティが下付され、航海士ロダスは騎士に叙せられた。丁字が大半の積荷はクリストバル・デ・アロに渡された。
マゼラン海峡で船隊を離れ、勝手に帰国していたサン・アントニオ号の乗組員たちはマゼランにすべての罪を負わせ、自分たちを正当化した。エルカーノもサン・フリアンで反乱側だったため不利な証言はしなかった。
マゼランの帰りを待っていたはずの妻と二人の子供たちはすべて死んでいた。
スペインは1525年7月、名門貴族のロアイサを指揮官とする7隻の艦隊を派遣している。

マゼラン　世界周航　大航海時代年表・項目